专题文章
在肉仔鸡上使用等间隔、低密度的SNP引物基因组EBV的准确性
使用等间隔低密度标记引物的基因筛选是进行基因筛选非常划算的一个选择，根据爱荷华州大学的Chunkao Wang 及其合作者在2011年畜牧学报中的报告。
总结和意义
整个基因组或者基因组筛选是基于穿过带显性的整个基因组的大量标记的联系，但是在肉鸡上要求使用小的SNP引物可节省成本。本试验评估了在商业肉鸡品系中使用等间隔低密度标记引物以及设算高密度SNP基因型进行基因型筛选的准确性。
使用几种不同方法来评估标记的作用效果。不同方法和特性准确性相差不到5%。因此，使用等间隔低密度标记引物的基因组筛选是执行基因组筛选可节省成本的选择。
前言
使用高密度（HD）标记引物的基因组筛选（GS）提供了加强牲畜基因改善的机会但不是很划算，尤其是涉及大量筛选候选的育种方案中，由于HD-SNP基因分型的高成本。
我们小组之前的研究已经表明通过基因型筛选候选进行筛选不到400子集穿过基因组分布良好的HD标记引物，接着推算在父母代和祖父母代已经观察到的HD标记基因型。
此方法重点关注的是精确度的潜在损失，这在对肉种鸡系的两个特征进行评估中获得。
材料和方法
HD和等间隔低密度（ELD）引物具有36455和384SNPs，分别使用Illumina Infinium 和KASPar Kbioscience进行基因分型。
共计1091只来自三代的鸡使用HD引物进行基因分型作为试验数据，168只鸡用HD和LD引物作为验证数据。试验数据包括验证数据设置中的168只鸡的父母代。使用一种快速基于规则的方法推论试验组个体的SNP单倍体。使用带重叠区的Gibbs取样器估计验证样本毗连的ELD SNP处等位基因分离指示器联合的可能性，利用来自试验个体在FLD SNP处的单倍体信息。在试验数据中HD单倍体和验证个体ELD SNP处分离可能性接着用于估计在验证个体中丢失HD SNP基因型的可能性。
使用基因组筛选方法Bayes-A、-B (pi = 0.99)和-C (pi = 0.99)与GLUP评估试验数据中两个特征的标记的作用效果：体重和母鸡舍内产量。将评估结果用于评估使用所观察的HD基因型或来自ELD引物的推算的HD基因型验证数据的基因组育种价值。
将所观察的HD基因型计算的EBV作为黄金标准，基于来自所观察和推算的HD基因型的EBV之间相关性的差异评估使用推算基因型的准确性。
结果和讨论
来自观察的EBV和来自推算的HD基因型的EBV的相关性见表1。所有相关性都大于0.95，这表明使用ELD引物的不准确性不到5%。所有方法中体重的相关性比母鸡舍内产量的相关性稍微小一点。相关性最高的是GLUP。
更多信息
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2011年4月
